De Stichting Molukse Moskee Ridderkerk (SMMR) beheert de Molukse Moskee Ridderkerk Bait Al-Rahmaan. SMMR wordt bestuurd door een Bestuur. Daarnaast is er een Religieuze Raad die zorg draagt voor de dagelijkse gebeden en andere religieuze taken. Ook faciliteert SMMR de Koranschool Bait Al-Rahmaan. Verder stuurt SMMR een aantal commissies aan die zelfstandig werken: o.a. een bouw- en beheercommissie, schoonmaakcommissie, tuincommissie, activiteitencommissie, commissie toezicht en veiligheid en kascommissie.

Het bestuur, de commissies, de Religieuze Raad en de Koranschool bestaan volledig uit vrijwilligers. Er zijn geen betaalde functies binnen de moskee.